水培花卉虽摆脱了土壤中病虫害的侵害，但仍会受到摆设环境中病虫害的侵害。空气中的真菌、细菌、病毒仍可浸染水培花卉的茎叶，使其受到不同程度的病变；蚜虫、介壳虫可随风飘至室内，降落到水培花卉上刺吸汁液；飞蛾在花卉上产卵，卵孵化成幼虫，幼虫会咀食花卉的嫩叶、茎尖。脱盆洗根改为水培的花卉，同样会带有真菌、细菌、病毒、虫卵、幼虫等，若不仔细检查并 清除，便会留下隐患。
水培花卉因其摆设环境的特殊性，一旦发生病虫害，既不宜使用化学农药杀虫，又不能使用大剂量的杀菌剂灭菌。因为这些药物虽能起到杀灭菌的作用，但同时对环境也会造成污染。
对水培花卉可能发生的病虫害应以预防为主。在选择花卉进行水培时，尽可能挑选植株健壮、生长茂盛、无病虫害的花卉。在养花过程中发现害虫，可人工捕捉，或用自来水冲洗清除。水培花卉发生浸染性病害不多，若有少数叶片上有褐色病变，干瘪坏死，或者有不规则形水渍状病变，应将整片病叶摘除并烧毁，勿使病害蔓延。非浸染性病害是由不适宜的环境而引起的。夏季闷热的高温天气，冬季寒冷干燥的天气，空气不通畅的环境，过度荫蔽，营养液浓度过高或不能均衡吸收，都可能造成水培花卉叶尖焦枯，下部叶片发黄脱落。及时改善水培花卉的养花环境，便可避免非浸染性病害的发生。
