苗圃中的苗木卫生很重要，不卫生会有很大的隐患。
一、福尔马林消毒
福尔马林消毒每平方米苗圃用福尔马林50毫升加水10公斤均匀地喷洒在地表，然后用草袋或塑料薄膜覆盖，闷10天左右揭掉覆盖物，使气体挥发，2天后可播种或扦插。防治立枯病、褐斑病、角斑病、炭疽病等效果很好
二、五氯硝基苯消毒
每平方米苗圃地用75%五氯硝基苯4公斤、代森锌5公斤，混合后，再与12公斤细土拌匀。播种时下垫上盖，防治苗木立枯病、炭疽病、猝倒病、菌核病等有特效。
三、波尔多液消毒
每平方米苗圃地用等量波尔多液（硫酸铜、石灰、水的比例为1∶1∶100）2.5公斤，加赛力散10公斤喷洒土壤，待土壤稍干后即可播种或扦插。能有效防治黑斑病、斑点病、灰霉病、锈病、褐斑病、炭疽病等。
四、硫酸亚铁消毒
用3%硫酸亚铁溶液处理土壤，每平方米用药液0.5公斤，可防治针叶花木的苗枯病，桃、梅缩叶病，兼治花卉缺铁引起的病。
五、多菌灵消毒
多菌灵能防治多种真菌病害，对子囊菌和半知菌引起的病害防治效果好。土壤消毒用50%多菌灵可湿性粉剂，每平方米拌1.5公斤，可防治根腐病、茎腐病、叶枯病、灰斑病等。也可按1∶20的比例配制成毒土撒在苗床上，能有效防治苗期病害。
六、代森铵消毒
用50%水溶代森铵350倍液，每平方米苗圃土壤浇灌3公斤稀释液，可防治花卉的黑斑病、霜霉病、白粉病、立枯病和球根类种球的多种病害。
