容器育苗与苗床育苗相比，不能施入基肥，否则会导致某些元素的浓度过高，造成死苗。一般只施以适量的堆肥，而追肥的效果也不错。
容器育苗的施肥，通常是将含有一定比例氮、磷、钾养分的混合肥料，按1∶200的浓度配成水溶液，通过灌水系统进行喷施或灌根。后期根据苗木各个生长期的不同要求，不断调整养分的比例和施用量，以达到最佳效果。
灌根一般在傍晚进行，温度过高时不宜进行。施用农家肥必须充分沤熟，既杀死肥中的病菌和有害虫卵，也避免烧苗。根外追肥一般一周1～2次，以清晨进行为好。根外追肥与根施相比，用量少，效率高，一般植物叶片8小时后可吸收60%的叶面肥。对某些微量元素，土壤施入往往无效，因此，可多采用根外追肥的方式，并将两种追肥方式配合进行。无论哪种方式，都应先淡后浓，一旦发现施肥过量，要尽快灌水冲淡。
生物肥料对某些苗木的生长作用明显，如松树。不过，松树用容器育苗时，菌根菌较难传播，应进行人工接种，将有菌根菌的土壤铺盖在容器土壤表面。一般菌根土应取自同种松树根系的周围。接种时间应选在松树种子发芽后一个月左右，如过早放入，幼苗侧根未形成，菌根菌没有寄主，往往失效。但豆料植物，如金合欢、合欢、紫荆、紫藤等，大都有可以固氮的根瘤菌，而磷肥在很大程度上可以促进根瘤菌的发展。因此这类苗木对磷肥的要求较高，对氮肥要求较低。
