影响花椒树的害虫主要有食叶类凤蝶、大蓑蛾、黄刺蛾，刺吸类蚜虫、蚧壳虫、粉虱，枝干类蚱蝉、吉丁虫、天牛、蜗牛，地下类金龟子、地老虎、蝼蛄等;病害主要有锈病、褐斑病、煤污病、枝梢病和立枯病。
对食叶类害虫，在幼虫发生期(5～8月)用80%的敌敌畏乳油1500倍液喷杀;刺吸性类害虫用25%的唑蚜威乳油1500～2000倍液;枝干类害虫在花椒萌芽期或果实采收后用20%毒死蜱?辛和氧化乐果混合液涂抹树干，或在成虫期用20%毒死蜱?辛、2.5%高效氟氯氰菊酯或4.5%高宝乳油毒杀，蜗牛用10%多聚乙醛颗粒拌土防治;地下类害虫在发生期用90%晶体敌百虫、48%毒死蜱或20%毒死蜱?辛杀灭。
在3月下旬到4月上旬，对蚜虫、天牛、凤蝶和蚂蚁等害虫，以“5%锐劲特1袋+70%艾美乐1袋+98%速乐硼10克”兑水15公斤，若有红蜘蛛则另加“24%螨危”5毫升，防治一次即可，并还可保花、保果、促进生长。
防治病害的方法主要有：叶部病害锈病用15%三唑酮可湿性粉剂300倍液、50%多菌灵可湿性粉剂800-100倍液或65%代森锌可湿性粉剂400～500倍液等;褐斑病用65%代森锌300倍液;黄叶病在发芽前或生长季节喷0.1%～0.2%的硫酸亚铁;枝枯病用石硫合剂;茎腐病和立枯病用60%百菌通可湿性粉500倍液。
