莲花最常见的病害有腐霉菌引起的腐烂病，丝核菌引起的立枯病，灰葡萄孢菌引起的灰霉病以及白粉菌引起的白粉病。
腐烂病是有几种腐霉菌均可引起的一种病，不管温度高低都有发生的可能，潮湿条件下更容易发生和传播腐烂病，它可以使正在发芽的种子腐烂或植株的根部发病，使植株长势缓慢甚至死亡。受腐霉病菌感染后，发病植株根和茎部会出现水渍状腐烂。
腐烂病的防治，首先是对土壤进行消毒，可以用五碌硝基苯或土壤菌虫清拌种，拌土杀菌消毒。如果已经发病，可用退菌特进行喷雾灭菌。
丝核菌可以引起立枯病，这种病菌喜欢温暖湿润的环境，与腐烂病相比，它的症状为棕褐色，凹陷更加明显。有时可在患病植株与基质相接的部位发现茶色的园斑状菌丝体群。对立枯病，可用medaiiion和chipco26019等进行灭杀。
灰霉病是一种即可以感染小苗又发作于开花期的疾病，较高的空气湿度和植株表面的水膜可以促使灰葡萄孢菌感染植株。
该病可用mancozeb进行喷雾，或用百菌清多菌灵进行喷雾灭杀。
白粉病是由白粉菌感染所引起的一种病状，其受害症状包括叶片螺旋状卷曲，叶片·茎部·和花蕾上有圆形白斑，受害花蕾不能开花卷曲，停止生长。若发现此病，要立即用三唑酮800倍液进行喷雾灭杀，如病情严重，要隔7-8天再喷一次，连喷三次基本可以控制住。
